Pipeta by sa mala pravidelne udržiavať podľa frekvencie používania, najmenej však každé 3 mesiace, skontrolujte pipetu na prach a nečistoty, zvláštnu pozornosť venujte jej náustku. Dlhodobá údržba vyžaduje čistenie vnútrajšku pipety a musí byť rozobraná vyškoleným a kvalifikovaným personálom.
1. Čistenie pipety
Pri vnútornom čistení je potrebné najskôr rozobrať spodnú časť pipety. Demontované časti by sa mali vydrhnúť mydlovou vodou, saponátom alebo 60 percentným izopropylalkoholom, potom opláchnuť dvakrát destilovanou vodou, vysušiť a potom potiahnuť vatovým tampónom na povrchu piestu. Naneste tenkú vrstvu lubrikačného silikónu; tesnenia vo všeobecnosti nepotrebujú čistenie.
2. Sterilizácia pipiet
Môže sa sterilizovať konvenčnou sterilizáciou pri vysokej teplote a vysokom tlaku alebo sterilizáciou ultrafialovým žiarením.
3. Odstránenie kontaminujúcich nukleových kyselín z pipety
Demontované vnútorné a vonkajšie návleky zo spodnej časti pipety namočte na 30 minút do čistiaceho roztoku pri 95 stupňoch, potom návleky opláchnite dvakrát destilovanou vodou, vysušte pri 60 stupňoch alebo úplne vysušte a nakoniec vložte do piestu. Naneste na povrch lubrikant (silikón) a zostavte diely.